· 增设“环境科学研究所”,重点建设“现代环境生物学”和“环境观测与分析”两个公共研究平台
· 承担国家“十五‘863计划’”9项课题和12项子课题研究任务。
· “持久性污染物的环境界面化学与控制技术原理”获国家自然科学奖二等奖。
· “城市生活垃圾卫生填埋示范工程”获国家科技进步奖二等奖。
· “北京国环清华环境工程设计研究院”成为拥有多项工程设计和咨询甲级资质的专业设计单位。
· 《环境保护与可持续发展》获全国普通高等学校优秀教材一等奖。
· 与东北大学、中国环境科学研究院共同组建“国家环境保护生态工业重点实验室”。
· 环境系首届博士生论坛举行。
· 分别成立“清华大学-国中环境技术研究所”,“清华大学(环境科学与工程系)-广东南方科学城环保科技产业有限公司环保技术研究所”和“清华-哈希水质测试实验室”。